MEGA(分子進(jìn)化遺傳分析軟件) v7.0.26官方版(附教程)

MEGA 7是來自國外的一款操作便捷，功能強(qiáng)大的分子進(jìn)化遺傳分析軟件，全稱：Molecular Evolutionary Genetics Analysis。它是一款專業(yè)的進(jìn)化樹軟件，用于分析來自物種和種群的DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)，可用于序列比對、進(jìn)化樹推斷、估計分子進(jìn)化速度、驗證進(jìn)化假說等，非常適合生物學(xué)家和科研人員輕松進(jìn)行進(jìn)化分析和分子鑒定。軟件功能齊全，界面簡單直觀，新版本帶來了更多的功能和改善，增加了了向?qū)较到y(tǒng)，用于識別樹中的基因復(fù)制事件。并且重新考慮樹資源管理器，以便可以顯示多達(dá)100k類群的樹。Timetree系統(tǒng)用于估計系統(tǒng)發(fā)育中所有分支點(diǎn)的相對和絕對發(fā)散時間（Tamura等人，2012）等等。有需求的用戶請下載這款MEGA 7進(jìn)化樹軟件。

功能特色

1、序列分析

系統(tǒng)發(fā)育推論

型號選擇

約會和時鐘

祖?zhèn)鲊?/p>

選擇和測試

序列比對

2、統(tǒng)計方法

最大似然

距離方法

普通最小二乘

最大的簡約

復(fù)合似然

貝葉斯

3、強(qiáng)大的視覺工具

對齊/跟蹤編輯器

樹探索者

數(shù)據(jù)探索者

傳奇發(fā)電機(jī)

基因復(fù)制向?qū)?/p>

時間樹向?qū)?/p>

MEGA 7教程

1、首先根據(jù)提示安裝好軟件之后，準(zhǔn)備需要建樹的序列，并將序列保存為fasta格式。

①取一條目標(biāo)氨基酸序列，在NCBI的blast板塊進(jìn)行下比對：

②將比對結(jié)果下載下來保存為fasta格式，如下：

2、打開MEGA7，點(diǎn)擊Align--Edit/built Alignment，選擇Create a new alignment，點(diǎn)擊ok。

3、打開剛剛保存下來的fasta序列，如下：

4、點(diǎn)擊Alignment –Align by ClustalW ，選擇所有序列，出現(xiàn)下圖，參數(shù)根據(jù)需求修改，在這我們就直接選擇默認(rèn)，點(diǎn)擊ok。

5、比對完成后，點(diǎn)擊Data –Phylogenetic Analysis，出現(xiàn)下圖坐標(biāo)箭頭指向的兩個按鈕。

6、點(diǎn)擊Phylogeny，有5個構(gòu)建進(jìn)化樹的方法，一般選擇MaximumLikehood（最大似然法）、Neighbor-Joining（鄰接法）和Minimum-Evolution（最小進(jìn)化法）方法，在此選擇選擇Neighbor-Joining（鄰接法）建樹，出現(xiàn)下圖。

7、在Test of Phylogeny 選擇Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 輸入2000; Mode/Method 核酸選擇Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列選擇Poisson model; Rates among sites 選擇Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 選擇Compeledeletion, 點(diǎn)擊Compute得到下面結(jié)果，根據(jù)自己的需求對樹進(jìn)行修飾。